SPAでない既存のHTMLの中で、一部Vue.jsのコンポーネントで書き換えるために、
Vue.js 1.xでは以下のようにしていました。

<html>
<body>
  <popup></popup>
</body>
</html>

import Vue from 'vue'
import Popup from './Popup.vue'

new Vue({
  el: 'body',
  components: {
      Popup
  }
});

Vue.js 2.xで同様のコードを書くと、Do not mount Vue to <html> or <body>という警告が出ます。
どう実現したら良いでしょうか？
以下のようにしてみると、コンポーネントのslotが設定されないないようでした。

import Vue from 'vue'
import Popup from './Popup.vue'

new Vue({
  el: 'popup',
  render: h => h(Popup)
});