Visual Studio 2013のセットアッププロジェクトでマージモジュールを使用したインストーラーを作成しています。

ソリューションエクスプローラーでセットアッププロジェクト内のマージモジュールを選択するとプロパティウィンドウでFolderを指定することが出来ますが、実際にインストールするとマージモジュールのファイルがApplication Folderに出力されてしまいます。

マージモジュール側でフォルダを指定すれば出力フォルダを変更することは出来ますが、セットアッププロジェクト側で構成する手段は無いでしょうか。