Unity公式チュートリアルのwave作成部:https://unity3d.com/jp/learn/tutorials/projects/2d-shooting-game/spawning-waves
コメント部のここですの部分コードですがtransform.parentに空のゲームオブジェクトとして
作成したオブジェクトに設定したpositionの値を入れていますが、Instantiate()した時点で各値を入れていますのでソースをコメントにしても同じ結果になるのですが
親の座標も変更するのは意味があるのでしょうか?

public class Emitter : MonoBehaviour {

    public GameObject[] waves;
    private int currentWave;



    private IEnumerator e()
    {
        if (waves.Length == 0)
        {
            yield break;
        }

        while (true)
        {
        //    Debug.Log("コルーチン");
            GameObject wave = (GameObject)Instantiate(waves[currentWave],
                transform.position,
                Quaternion.identity);

     //       wave.transform.parent = transform;//ここです
            while (wave.transform.childCount != 0)
            {
                yield return new WaitForEndOfFrame();
            }
            Destroy(wave);

            if (waves.Length <= ++currentWave)
            {
                currentWave = 0;
            }
        }

    }

    private void Start()
    {
        StartCoroutine(e()); 

    }

    // Update is called once per frame

    void Update () {
      //  Debug.Log(currentWave);

    }

}