ベースとなるViewを生成し、その上に機能に応じたUIパーツをaddSubView()します。
その後機能を変えた場合はベースとなるViewの上のUIパーツを全てremoveFromSuperview()してから値を再設定しaddSubView()という処理を行ったのですが、
再設定後の表示が画面の左上にUIパーツがまとまった状態になり、Debug View Hierarchyで確認するとRuntimeErrorに以下のエラーが出ていました。

Layout Issues 
   -> Position is ambiguous for UILabel

StoryBoard上でAutoLayoutは設定はしてあります。
なので、再設定をしない初回は正しく表示されます。

removeFromSuperview()をした場合、インスタンスは解放されずViewとの繋がりが絶たれるだけだという認識でいたので、制約が解除されるという想定はしていませんでしたが、
UIパーツの制約が解除されてしまうということはあるのでしょうか？