Invalid Bundle. The bundle at ‘XXX.app/PlugIns/YYY.appex' contains disallowed file 'Frameworks'. Xcode8 アプリをAppStoreにアップロードする際にエラーが起こる

Oct 12, 2016

Realmを使うためにPodfileにuse_frameworks!とpod 'RealmSwift'
を追加したのですが、そのことが原因でエクステンションアプリのパッケージ内に
Frameworksフォルダができるようになりました。

そのためAppStoreにアップロードする際に下記のようなエラーが起きます。

エラー内容

ERROR ITMS-90206: "Invalid Bundle. The bundle at ‘XXX.app/PlugIns/YYY.appex' contains disallowed file 'Frameworks'."

Podfile

platform :ios, '9.0'
use_frameworks!

pod 'SVProgressHUD'
pod 'NCMB', :git => 'https://github.com/NIFTYCloud-mbaas/ncmb_ios.git'
pod 'RealmSwift'

target :”YYY”, :exclusive => true do
    pod 'RealmSwift'
end

エクステンションアプリ内のFrameworksフォルダ

試したこと1
Embed Pod Frameworksを削除しましたが解決しませんでした。

試したこと2
Run ScriptでFrameworksを削除するようにしても解決できませんでした。

試したこと3
パッケージの中から手動で削除すると審査にあげられるようになったのですが、
エクステンションアプリが起動しなくなりました。

解決方法をご存知の方、回答いただけると助かります。