CoreData は実際には SQLite で保存されていると思います。
そうした CoreData の SQLite を アプリ内で SQLite を使って読み込んで、別DBへ移行処理をすることは可能・問題ないでしょうか?
基本 select ですが列を追加したりもするかも知れません。

CoreData で読み込むのがベストだとは思いますが、既存アプリのリプレースで新アプリではCoreDataを使わず別のDBを使う方針なので、できるだけ CoreData のフレームワークを入れたくないと思っています。