画面遷移にストーリーボードを使用しない場合にAppDelegateに書くべきコードを教えてください

編註: 前提として、画面のデザインはストーリーボードで行い、遷移のみをコードで行おうとしています。

AppDelegate上にて以下のような画面遷移を実装する場合、ビルドは出来るのですが
identifierを入れていないため、画面は真っ黒のままです。
どのようにidentifierを書き込んだらいいのでしょうか？

import UIKit

@UIApplicationMain
class AppDelegate: UIResponder, UIApplicationDelegate {

    var window: UIWindow?
    var viewController: ViewController?

func application(application: UIApplication, didFinishLaunchingWithOptions launchOptions: [NSObject: AnyObject]?) -> Bool {

        self.window?.rootViewController = ViewController()
        return true
    }

【補足】
遷移先のViewControllerは全てStoryboardで作成し、コードで書いたものではないため、
この質問(Xcode(Swift)でのセグエを使わない画面遷移について。
storyboardでの実装のため、ViewControllerとAppDelegateの指示がバラバラになっていて、ビルド成功しても、画面が黒くなってしまうのでしょうか？