お世話になっております。

現在WebサイトをSSL化して運用しています。
SSLにはLet's Encryptを使用したのですが、/etc/letsencrypt/live/example.comから証明書ファイルが消えてしまいました。/liveディレクトリもありません。
WebサイトのSSLは有効で、作成当初の予定通り、有効期限が9月末になっています。

前回の証明書作成には

cd certbot
./certbot-auto certonly --manual

とチャレンジ・レスポンス認証の方法で証明書を作成しました。

ですが、下記コマンドで証明書ファイルを確認したところ、No such file or directoryとなり、/etcの中身を確認すると、どうやら/letsencryptがないようです。

sudo ls /etc/letsencrypt/live/mydomain

しかし、なかったはずの/letsencryptが色々コマンドを試しているうちに復活したのですが、中身が空のようで、/live以下は存在しないままです。

このように証明書・秘密鍵が紛失した場合、どのような手段を取るべきなのでしょうか?
宜しくお願い致します。

回答がつかなかったのでマルチポストしています。
https://teratail.com/questions/44065