コンソールからログインしている間はsshで接続できるのはなぜでしょうか。

さくらのVPSにUbuntu 14.04.4 LTSをインストールして使用しています。
そのサーバーにsshで接続しようとすると、
Permission denied (publickey).
と表示されて、接続できません。
そこで、さくらのVPSコントロールパネルから、VNCコンソールでログインし、その後sshで接続すると、今度は接続できます。
コンソールでログインしている間は、sshで接続できるようなのです。
それがなぜか分かりません。
どういうことなのでしょうか。