Spring Boot で作成したアプリケーションをGradleでwar作成し、既存のTomcat上にデプロイしようとしています。

warの作成には成功しましたが、webappに配置してTomcatを起動すると以下のようなエラーが出てしまいます。

<Catalina.out>

重大 [localhost-startStop-1] org.apache.catalina.core.ContainerBase.addChildInternal ContainerBase.addChild: start: 
org.apache.catalina.LifecycleException: Failed to start component [StandardEngine[Catalina].StandardHost[localhost].StandardContext[/app]]
    at org.apache.catalina.util.LifecycleBase.start(LifecycleBase.java:167)
    at org.apache.catalina.core.ContainerBase.addChildInternal(ContainerBase.java:752)
    at org.apache.catalina.core.ContainerBase.addChild(ContainerBase.java:728)
    at org.apache.catalina.core.StandardHost.addChild(StandardHost.java:734)
    at org.apache.catalina.startup.HostConfig.deployWAR(HostConfig.java:986)
    at org.apache.catalina.startup.HostConfig$DeployWar.run(HostConfig.java:1857)
    at java.util.concurrent.Executors$RunnableAdapter.call(Executors.java:511)
    at java.util.concurrent.FutureTask.run(FutureTask.java:266)
    at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1149)
    at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:624)
    at java.lang.Thread.run(Thread.java:748)
Caused by: java.lang.IllegalStateException: Duplicate Filter registration for 'springSecurityFilterChain'. Check to ensure the Filter is only configured once.
    at org.springframework.security.web.context.AbstractSecurityWebApplicationInitializer.registerFilter(AbstractSecurityWebApplicationInitializer.java:217)
    at org.springframework.security.web.context.AbstractSecurityWebApplicationInitializer.insertSpringSecurityFilterChain(AbstractSecurityWebApplicationInitializer.java:151)
    at org.springframework.security.web.context.AbstractSecurityWebApplicationInitializer.onStartup(AbstractSecurityWebApplicationInitializer.java:124)
    at org.springframework.web.SpringServletContainerInitializer.onStartup(SpringServletContainerInitializer.java:169)
    at org.apache.catalina.core.StandardContext.startInternal(StandardContext.java:5196)
    at org.apache.catalina.util.LifecycleBase.start(LifecycleBase.java:150)
    ... 10 more

eclipseで実行する場合にはSpringBootに含まれるTomcatを使用しており問題なく動作しています。
サーバ上のTomcatとバージョンを合わせるためにenbedしているTomcatは除いてバージョンの指定を行っています。
また、Gradleでwarの作成時にはTomcatのjarは含まないように定義しています。

<build.gradle>

buildscript {
    ext {
        springBootVersion = '1.5.9.RELEASE'
        tomcatVersion = '8.5.24'
    }
    repositories {
        mavenCentral()
    }
    dependencies {
        classpath("org.springframework.boot:spring-boot-gradle-plugin:${springBootVersion}")
    }
}

apply plugin: 'java'
apply plugin: 'eclipse'
apply plugin: 'war'
apply plugin: 'org.springframework.boot'

version = '0.0.0-SNAPSHOT'
sourceCompatibility = 1.8

repositories {
    mavenCentral()
}

[compileJava,compileTestJava]*.options*.encoding='UTF-8'

processResources.destinationDir = compileJava.destinationDir
compileJava.dependsOn processResources

dependencies {
    compile('org.springframework.boot:spring-boot-starter-web') {
        exclude(module: 'spring-boot-starter-tomcat')
        exclude(group: 'org.apaceh.tomcat.embed')
    }
    compile('org.springframework.boot:spring-boot-starter-thymeleaf')
    compile('org.springframework.boot:spring-boot-starter-security')
    compile('org.springframework.boot:spring-boot-devtools')
    compile('org.springframework.boot:spring-boot-starter-mail')

    providedCompile("org.apache.tomcat.embed:tomcat-embed-core:${tomcatVersion}")
    providedCompile("org.apache.tomcat.embed:tomcat-embed-el:${tomcatVersion}")
    providedCompile("org.apache.tomcat.embed:tomcat-embed-jasper:${tomcatVersion}")
    providedCompile('org.apache.tomcat.embed:tomcat-embed-logging-juli:8.5.2')
    providedCompile("org.apache.tomcat.embed:tomcat-embed-websocket:${tomcatVersion}")
    providedCompile("org.apache.tomcat:tomcat-jdbc:${tomcatVersion}")
    providedCompile("org.apache.tomcat:tomcat-jsp-api:${tomcatVersion}")

    compile('org.thymeleaf.extras:thymeleaf-extras-springsecurity4')

    compile('org.projectlombok:lombok:1.16.16')

    compile('org.postgresql:postgresql:9.3-1100-jdbc4')

    compile('org.seasar.doma.boot:doma-spring-boot-starter:1.1.0')

    testCompile('org.springframework.boot:spring-boot-starter-test')
}

war {
    archiveName 'app.war';
}

TomcatのログにはSpring Security のフィルターが重複してるとありますが、プロジェクト内で使用しているSpringSecurityのFilterChainに関わる設定はConfigクラス一つだけです。

<AppWebSecurityConfigurer.java>

・・省略
@Configuration
@EnableWebSecurity
public class AppWebSecurityConfigurer extends WebSecurityConfigurerAdapter {
    @Autowired
    AppLogoutHandler logoutHandler;

    @Autowired
    AppLoginSuccessHandler loginSuccessHandler;

    @Autowired
    LoginService loginService;

    @Bean
    AppLoginSuccessHandler loginSuccessHandler() {
        return new AppLoginSuccessHandler();
    }
    @Bean
    PasswordEncoder passwordEncoder() {
        return new BCryptPasswordEncoder();
    }

    @Override
    protected void configure(HttpSecurity http) throws Exception {
        http.authorizeRequests()
                .antMatchers("/app/auth/**")
                .authenticated()
                .antMatchers("/js/**"
                        ,"/css/**"
                        ,"/images/**"
                        , "/vendor/**"
                        ,"/app/**")
                .permitAll()
            .and()
            .formLogin()
                .loginPage(URL_LOGIN)
                .usernameParameter("username")
                .passwordParameter("password")
                .successHandler(loginSuccessHandler)
                .failureUrl(URL_LOGIN + "?error=true")
                .permitAll()
            .and()
            .logout()
                .logoutRequestMatcher(new AntPathRequestMatcher(U_LOGOUT))
                .logoutSuccessUrl(U_HOME_INDEX)
                .deleteCookies("JSESSIONID")
                .addLogoutHandler(logoutHandler)
                .invalidateHttpSession(true)
                .permitAll()
            .and()
            .sessionManagement()
                .sessionFixation()
                .newSession()
                .invalidSessionUrl(URL_LOGIN);
    }

    @Override
    protected void configure(AuthenticationManagerBuilder auth) throws Exception {
            auth.userDetailsService(loginService).passwordEncoder(passwordEncoder());
    }
}

私の無知ゆえどこに見当をつけて調べていけばいいのかわからず質問させていただきます。
どなたかお分かりになる方がいらっしゃいましたら、お教え願いますでしょうか。