現在使用しているバージョンは1.3.1です。
・Arduino IDE(VSCode)を使用。

ハードウェアドキュメントを参照しますと、拡張ボード側のUARTは調歩同期式で、メインボードと拡張ボードを組み合わせた場合は、出荷時には自動的に拡張ボードのUARTが使用できる設定となっています。
拡張ボード側のUARTが有効な場合、メインボードのUARTをGPIOとして設定した場合には、D27, D28のみ使用可能です。と記載されています。
UARTの設定等は特に操作していませんので、出荷状態の拡張ボードのUARTが使用できる設定になっていると思います。

D27,D28を入力に設定してプルアップしているのですが、この状態ですとSerial2から何も送信されません。フロー制御が無効になっていないような感じなのですが、D27,D28を使用するには、pinModeの他に何か特別な設定等必要なのでしょうか。