1回のEEPROM.read()の処理に10ms程度、EEPROM.write()の処理に57ms程度かかっています。
Spresense用スケッチ例のeeprom_readやeeprom_writeをそのままでdelay()をコメントアウトしただけのコードでも上記の時間がかかるのですが、Arduino IDEでの開発だとこの程度の時間がかかってしまうのでしょうか。

追記

コメントありがとうございます。
使っているのは、spresenseメインボードに内蔵されている8MBのフラッシュメモリーです。
SpresenseのArduino IDEデベロッパーガイドには
「SpresenseではEEPROMが搭載されていないので、SPI-Flashメモリを用いてEEPROMをエミュレートしています。 EEPROMライブラリは、SPI-FlashによってエミュレートされたEEPROM に対して、書き込みと読み込みを可能にします。」
と記述されています。

EEPROM.hに記述されているE2ENDの値を変えてEEPROMのサイズを大きくしたところ、EEPROM.read()や.write()の速度も遅くなりました。
EEPROM.read()で1バイト操作する場合でも、確保したEEPROMすべての領域にアクセスしているから遅くなっているという可能性があるのでしょうか。