MacでSphinx (1.6.3)を利用しています。
sphinx-quickstartを実行して、make htmlをしてみましたがエラーが出てしまいます。

make html
/usr/bin/python: No module named sphinx.__main__; 'sphinx' is a package and 
cannot be directly executed
make: *** [html] Error 1

Pythonは2と3が入っています。
3はHomebrewで入れています。
Sphinxはpip3で入れています。

$ which python
/usr/bin/python
$ which python3
/usr/local/bin/python3
$ which pip3
/usr/local/bin/pip3

昔別環境で作ったSphinxのプロジェクト配下でのmake htmlは問題なく実行できます。
それがあるので、なぜ今回新しく作ったプロジェクトではエラーになってしまうのかが、よくわかっていない状態です。