ActiveRecordで複数の関連を持つcollectionに対する追加の方法

ActiveRecordで複数の関連を持つcollectionに、新たなレコードを追加させたい場合の実装について悩んでいます。

まず、テーブル構成を示します。

テーブル

下記のように既読記事の追加（user-check-entryの紐付けの追加）の実装を行ったのですが意図どおりに動きません。

entry = Entry.new
  ：
entry.save
User.find(1).entries<<entry

意図するところは、checksテーブルに紐付けのレコードがinsertされることですが、実際にはlatersテーブルにinsertされてしまいます。

複数の関連を持つcollectionに、明示的に「こっちの紐付けを追加」というような操作はできますでしょうか。