macでcyberduck（SFTP接続）ファイルをアップロードできなくて困っています。

Ruby on rails を勉強中の初学者です。
質問サイトに投稿するのも初めてなので、情報足らずであればすみません。

CyberduckでRuby on rails のファイルをAtomで編集して、保存したところ、
アップロード失敗（No such file）と表示されます。
atomとcyberduckを再起動したが、アップロードできないため学習を進めることができず困っています。

解決策をよろしくお願いします。