apt-get upgrade 後「504 Gateway Time-out」エラーが出る

多くの基本的な事を理解せず、見まね物まねでruby on rails でアプリケーションを作り、ubuntuで自宅サーバーを立て、Nginxでウエブに公開している者です。

ずっと問題なく一応アプリは稼働していたのですが、昨日(1/17) 急にエラーメッセージ に「504 Gateway Time-out」が出てきてネットからアクセス不可能になりました。

apt-get update ; apt-get upgradeを実行した後このメッセージが出始めました。今までずっとapt-get update ; apt-get upgradeは問題なくできていました。

【ubuntu環境】

root@****:~# cat /etc/lsb-release
DISTRIB_ID=Ubuntu
DISTRIB_RELEASE=16.04
DISTRIB_CODENAME=xenial
DISTRIB_DESCRIPTION="Ubuntu 16.04.3 LTS"

【nginxエラーログ】

/var/log/nginx/error.log

018/01/18 17:31:56 [error] 1236#1236: *20 upstream timed out (110: Connection timed out) while reading response header from upstream
, client: 192.168.210.4, server: 192.168.210.150, request: "GET /favicon.ico HTTP/1.1", upstream: "http://unix:/home/nagao/run/app_nagao2.

【nginxバージョン】

root@****:~# nginx -V
nginx version: nginx/1.10.3 (Ubuntu)

【nginx設定】
/etc/nginx/conf.d/app_nagao2.conf

upstream app_nagao2 {
    server unix:/home/nagao/run/app_nagao2.sock fail_timeout=0;
}

server {
    listen 80;
    server_name 192.168.210.150;

    root /home/nagao/run/app_nagao2/public; # アプリケーション名を記述

    try_files $uri/index.html $uri @app_nagao2; # アプリケーション名を記述

    location /{
        proxy_pass http://app_nagao2; # アプリケーション名を記述
        proxy_set_header X-Forwarded-For $proxy_add_x_forwarded_for;
        proxy_set_header Host $http_host;
        proxy_redirect off;
    }

    error_page 500 502 503 504 /500.html;
    client_max_body_size 4G;
    keepalive_timeout 10;
}

ruby on rails は問題なく動いているようでエラーログも出ていません。
何か問題があるようでしたら教えてください(明日から3日ぐらいアクセスできません)。

【追加部分】
遅れて申し訳ありません。
一応自分でテストできた事は下記です。

ファイル：/etc/nginx/nginx.confの中を下記の様に一部変更しました。

   include /etc/nginx/sites-enabled/*;
#  include /etc/nginx/conf.d/*.conf;=>コメントアウトしたのですがうまく表示されません。

これはユーザー設定ファイル(/etc/nginx/conf.d/app_nagao2.conf)を読ませないと言うことです。
結果は「Welcome to Nginx」なので take88さんが言われているようにNginxには問題無いのではないかと思います。通常は反対で(include /etc/nginx/sites-enabled/*;)行をコメントアウトしています。

次に下記ファイル(~/bin/run_app_nagao.sh)のpumaの引数 -d を取り除いて対話形式でrun_app_nagao.shを実行したところ、pumaのバージョンが低いようなメッセージがでました(すみません、ログは取っていません)。
pumaのバージョンを上げて(3.11.?=>忘れました)app_nagao2のvendor以下のファイルを削除してbunndle install --path vendor/bundleで実行したところ、今度はわけのわからないほどエラーでました。(すみません、これもログを取っていません。)
それでgem updateを実行してpumaのバージョンは最新のものだけにしてbundle installして実行しましたがやはりエラーわんさかです。エラーログ、必要ありそうなファイルを下記に挙げました。これで何かわかるでしょうか？
ちなみにdevelopment環境(rails s -b 0.0.0.0)では正常に稼働しているように見えます。

---

xxxx@yyyyy:~/bin$ ./run_app_nagao.sh
[1563] Puma starting in cluster mode...
[1563] * Version 3.11.2 (ruby 2.4.1-p111), codename: Love Song
[1563] * Min threads: 8, max threads: 8
[1563] * Environment: production
[1563] * Process workers: 8
[1563] * Phased restart available
[1563] * Listening on unix:///home/nagao/run/app_nagao2.sock
[1563] Use Ctrl-C to stop
[1593] + Gemfile in context: /home/nagao/run/app_nagao2/Gemfile
[1597] + Gemfile in context: /home/nagao/run/app_nagao2/Gemfile
[1601] + Gemfile in context: /home/nagao/run/app_nagao2/Gemfile
[1607] + Gemfile in context: /home/nagao/run/app_nagao2/Gemfile
[1605] + Gemfile in context: /home/nagao/run/app_nagao2/Gemfile
[1613] + Gemfile in context: /home/nagao/run/app_nagao2/Gemfile
[1617] + Gemfile in context: /home/nagao/run/app_nagao2/Gemfile
[1621] + Gemfile in context: /home/nagao/run/app_nagao2/Gemfile
/home/nagao/.rbenv/versions/2.4.1/lib/ruby/gems/2.4.0/gems/bundler-1.16.1/lib/bundler/runtime.rb:313:in `check_for_activated_spec!': /home/nagao/.rbenv/versions/2.4.1/lib/ruby/gems/2.4.0/gems/bundler-1.16.1/lib/bundler/runtime.rb:313:in `check_for_activated_spec!': You have already activated puma 3.11.2, but your Gemfile requires puma 3.7.1. Prepending `bundle exec` to your command may solve this. (Gem::LoadError)
        from /home/nagao/.rbenv/versions/2.4.1/lib/ruby/gems/2.4.0/gems/bundler-1.16.1/lib/bundler/runtime.rb:31:in `block in setup'
        from /home/nagao/.rbenv/versions/2.4.1/lib/ruby/2.4.0/forwardable.rb:229:in `each'
        from /home/nagao/.rbenv/versions/2.4.1/lib/ruby/2.4.0/forwardable.rb:229:in `each'

---

(~/bin/run_app_nagao.sh)

#!/bin/sh
  cd /home/nagao/run/app_nagao2

rails assets:precompile RAILS_ENV=production
APP_NAGAO2_DATABASE_PASSWORD=******* SECRET_KEY_BASE=$(rails secret) RAILS_SERVE_STATIC_FILES=true \
RAILS_ENV=production puma  -w 8

---

(~/rails-data/app_nagao2/Gemfile)抜粋

.
.
ruby '2.4.1'
gem 'rails', '~> 5.0.1'
gem 'puma', '~> 3.7.0'
------------------------------------------------------
(~/rails-data/app_nagao2/config/puma.rb)
_proj_path = "#{File.expand_path("../..", __FILE__)}"
_proj_name = File.basename(_proj_path)
_home = ENV.fetch("HOME") { "/home/nagao" }

pidfile "#{_home}/run/#{_proj_name}.pid"
bind "unix://#{_home}/run/#{_proj_name}.sock"
directory _proj_path


threads_count = ENV.fetch("RAILS_MAX_THREADS") { 8 }.to_i
threads threads_count, threads_count

# Specifies the `port` that Puma will listen on to receive requests, default is 3000.
#
_environment_ = ENV.fetch("RAILS_ENV") { "development" }
if _environment_ == "development"
  port        ENV.fetch("PORT") { 3000 }
end
plugin :tmp_restart

---

xxxx@yyyy:~/rails-data/app_nagao2$ gem list | grep puma

puma (3.11.2)

(rubyバージョン)
xxxx@yyyy:~$ ruby -v

ruby 2.4.1p111 (2017-03-22 revision 58053) [x86_64-linux]

(railsバージョン)
xxxx@yyyy:~$ rails -v

Rails 5.1.4

(gemバージョン)
xxxx@yyyy:~$ gem -v

2.7.4