以下のような場合、どのような事が考えられるでしょうか…。
rails アプリのルートディレクトリでコマンドを叩いた結果です。

$ rails s
Your Ruby version is 2.0.0, but your Gemfile specified 2.2.2

$ ruby -v
ruby 2.2.2p95 (2015-04-13 revision 50295) [x86_64-darwin14]

$ rbenv versions
  system
* 2.2.2 (set by /Users/username/Documents/workspace/rails_root/.ruby-version)

$ rbenv versions --local
  system
* 2.2.2 (set by /Users/username/Documents/workspace/rails_root/.ruby-version)

zsh を使用していますが、~/.zprofile の内容はこのような感じです。

export PATH="$HOME/.rbenv/bin:$PATH"
eval "$(rbenv init -)"

which bundle を実行すると
/Users/username/.rbenv/shims/bundle と返ってきます。

bundle updatebundle install は実行できます。

よろしくお願いします。