FreeBSD ApacheでPassengerを使っています。rails4でrubyはrvm上です。

staging機（RAILS_ENV=staging)を、FreeBSD 9.3 RELEASEから 10.3 にバージョンアップしたところ、今まで幸せに動いていたRailsアプリがことごとく、RAILS_ENVになぜか指定していないdevelopmentが渡されてしまいアプリのWebページに例の赤い文字で

Migrations are pending; run 'bin/rake db:migrate RAILS_ENV=development' to resolve this issue

と表示されてしまうようになりました。
繰り返しになりますが、RAILS_ENVは元々stagingで、既にmigrateしているのですが、バージョンアップ後なぜか（サーバーには一切設定していない）developmentであるとされてしまっているという状況です。

つまり、httpd-vhost.conf には、RailsEnv stagingを指定しています。ちなみに複数のアプリをサブディレクトリで動かしています。
そのようなわけで、httpd-vhost.confは

RailsEnv staging
RailsBaseURI /app1
RailsBaseURI /app2
RailsBaseURI /app3

のような感じで、いずれのアプリも上記のMigrations are pendingが表示されます（アプリとしては動いている）

関係するかどうか不明ですが、 /var/log/httpd-error.log でエラーの内容を見てみると、

[ 2018-03-26 19:29:07.8404 42653/0x80540a400 age/Cor/CoreMain.cpp:907 ]: 
Checking whether to disconnect long-running connections for process 26796, 
application /home/staging/www/webapp/app1 (staging)
App 26899 stderr: PassengerAgent: environment corrupt; missing value for SERVER_S
App 26899 stderr: PassengerAgent: environment corrupt; missing value for SERVER_S

のようになっていました。表示のenvironment corruptが上記のことを意味しているのかどうかは不明です。なお、 PassengerAgent: environment corruptやmissing value for SERVER_Sをググっているのですが、手がかりが見つかりませんでした。

Passengerのバージョンは 5.1.2, 5.1.12, 5.2.1 で試してみましたが、いずれのバージョンでも起きます。Rubyは 2.2.7 です。

どうぞよろしくお願いいたします。