オブジェクトの読み込みについて
私はSeuratを使用していてGEOからインストールしたデータセットを分析しようとしています。 しかし、CreateSeuratObjectに関するエラーメッセージが表示されました。
Warning messageの解決方法を教えていただけたらと思います。
よろしくお願いします。
> library(dplyr)
> library(Seurat)
> library(ggplot2)
> cancer.rna <- read.csv2(file = "/Users/desktop/GSE84133/GSM2230757_human1_umifm_countsnew3.csv", sep = ",",header = TRUE, row.names = NULL)
> dim(cancer.rna)
[1] 16381 1651
> cancer.rna[1:5, 1:5]
X TGCCTCAC.TGGGATTC AGAGACTA.GATTGCGA GAGGGAGGTA.GAAGGCTT GAGAGAGTAT.CCTATTCA
1 A1BG 0 0 0 0
2 A1CF 0 0 0 2
3 A2M 4 0 0 0
4 A2ML1 0 0 0 0
5 A4GALT 0 0 0 0
> cancer <- CreateSeuratObject(counts = cancer.rna, project = "GSE84133", min.cells = 3, min.features = 200)
Warning message:
In storage.mode(from) <- "double" : NAs introduced by coercion