Miniconda で仮想環境のライブラリを import できない

Windows の Miniconda で仮想環境を作ったのですが，activate して Python を実行してみたところ，Miniconda 本体の方の site-package を見てしまっているのか仮想環境の方の site-package のライブラリを import できません．
環境変数の PYTHONHOME を削除すると import できるようにはなるのですが，そのような環境変数の変更なしに実現する方法はあるのでしょうか．

C:\>conda create -n myenv numpy
The following NEW packages will be INSTALLED:
    numpy:  1.9.1-py27_0
    python: 2.7.9-1

C:\>activate myenv
Activating environment "myenv"...

[myenv] C:\>conda list
# packages in environment at C:\Miniconda\envs\myenv:
# 
numpy 1.9.1   py27_0
python 2.7.9    1 

[myenv] C:\>python

>>> import numpy
Traceback (most recent call last):
 File "<stdin>", line 1, in <module>
ImportError: No module named numpy
>>>

環境変数の PYTHONHOME には C:\Miniconda を，PYTHONPATH には C:\Miniconda\Lib\site-package を設定し，上で作成した [myenv] を activate した状態での sys.path の結果が以下のものになります．

>>> sys.path
['', 'C:\\Miniconda\\Lib\\site-packages', 'C:\\Miniconda\\envs\\myenv\\python27.zip', 
'C:\\Miniconda\\DLLs', 'C:\\Miniconda\\lib', 'C:\\Miniconda\\lib\\plat-win', 
'C:\\Miniconda\\lib\\lib-tk', 'C:\\Miniconda\\envs\\myenv', 'C:\\Miniconda']

また，そこから PYTHONHOME を削除して同じように sys.path を実行した結果が以下のものになります．

>>> sys.path
['', 'C:\\Miniconda\\Lib\\site-packages', 'C:\\Miniconda\\envs\\myenv\\python27.zip', 
'C:\\Miniconda\\envs\\myenv\\DLLs', 'C:\\Miniconda\\envs\\myenv\\lib', 
'C:\\Miniconda\\envs\\myenv\\lib\\plat-win', 'C:\\Miniconda\\envs\\myenv\\lib\\lib-tk', 
'C:\\Miniconda\\envs\\myenv', 'C:\\Miniconda\\envs\\myenv\\lib\\site-packages']