dockerを利用したyolov3のmake エラーについて

Dockerfileに

FROM nvidia/cuda:9.0-runtime-ubuntu16.04
RUN apt-get update
RUN apt-get -y install python3-pip
RUN pip3 install keras tensorflow-gpu

このように記載してコンテナを立てて

git clone https://github.com/pjreddie/darknet
cd darknet
vim #GPU=1に変更
make

すると

In file included from ./src/utils.h:5:0,
    from ./src/gemm.c:2:
include/darknet.h:14:30: fatal error: cuda_runtime.h: No such file or directory
compilation terminated.
Makefile:85: recipe for target 'obj/gemm.o' failed
make: *** [obj/gemm.o] Error 1`

のようなエラーがでます。

おそらくdarknetのMakefile(下記)COMMON+= -DGPU -I/usr/local/cuda/include部分で指定しているincludeフォルダがないからではないかと思っています。

ifeq ($(GPU), 1)
    COMMON+= -DGPU -I/usr/local/cuda/include/
    CFLAGS+= -DGPU
    LDFLAGS+= -L/usr/local/cuda/lib64 -lcuda -lcudart -lcublas -lcurand
endif

質問はdockerでyoloをGPU=1にしてmakeするにはどのようにMakefileを設定すればよいのでしょうか。またCOMMON+=、CFLAGS+=、LDFLAGS+=はそれぞれ何を設定しているのでしょうか。