tensor flowのバージョンアップを行った結果、checkpointファイルのフォーマットが変更されている

tensorflowの学習モデルの出力フォーマットが以前のものとは変更されており、
model.ckptだけであったのが
model.ckpt-1111.data-00000-of-000001,
model.ckpt-1111.index,
model.ckpt-1111.meta
といった具合に3ファイルに変更されており対処に困っています。

どのckptファイルを参照するのか、またコード例が知りたいです。
~~~下記は自分が使っているコードの一部です~~~

images_placeholder = tf.placeholder("float", shape=(None, IMG_PIXELS))
keep_prob = tf.placeholder("float")
logits = inference(images_placeholder, keep_prob)
sess = tf.InteractiveSession()
saver = tf.train.Saver()
sess.run(tf.global_variables_initializer())
saver.restore(sess, "model.ckpt")