何度も申し訳ないです。
以下の3dbarのz=0の値のプロットを無くしたいのですが、np.nanmin, np.nanmaxの使い方がいまいちわかりません(エラーの言っている意味が分かりません)。
以下にサンプルコードと図を乗っけます。

力足らずで申し訳ないです(TT)
頑張ります。
(それと、コードが上手くのっけられません)

from mpl_toolkits.mplot3d import axes3d
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
from matplotlib import style
style.use('ggplot')

fig = plt.figure()
ax1 = fig.add_subplot(111, projection='3d')

x3 = [1,2,3,4,5,6,7,8,9,10]
y3 = [1,2,3,4,5,6,7,8,9,10]
X,Y=np.meshgrid(x3,y3)
z3 = np.zeros([10,10])

dz = np.zeros([10,10])
dz[3,3]=0
dz[5,5]=2
dz[1,7]=0
dz[5,2]=1
dz[1,0]=2
dz[dz<=0.0]=np.nan
np.nanmin(dz, axis=None, out=None)
np.nanmax(dz, axis=None, out=None)
ax1.bar3d(X.ravel(), Y.ravel(), z3.ravel(), 0.5, 0.5, dz.ravel(),color="red")

ax1.set_xlabel('x axis')
ax1.set_ylabel('y axis')
ax1.set_zlabel('z axis')

plt.show()

変化前
変化前

変化後
変化後