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vcfファイルには最初の何行にも渡って#で書かれた箇所があり、読み込んだ時に#も一緒に出力してしまいます。その結果、counterでは{('3':987, '7':654, ・・・'#~~':1, '#~~':1)}といった感じに＃のものまでカウントされてしまいます。この＃を消す方法はあるのでしょうか？

また、カウントの順番を多い順ではなく、1,2,3と番号順にすることはできるのでしょうか？

import sys
import os
from collections import Counter

count = []
with open('test.vcf','r') as file:
    lines = file.read().split('\n')

    for line in lines:
        a = line.split('\t')
        CHR = a[0]
        count.append(CHR)

c = Counter(count)
print(c)