同じ番号を含むものの中から番号ごとに数を数える

CHRの中は1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 ・・・・22 22 X X ・・Y Y ・・MT MT MTという感じになっています。この中から、番号ごとにその数をカウントしたいです。数字だけでなく、文字もあるので、どうすれば良いかわかりません。

import sys
import os

with open('test.vcf','r') as file:
    lines = file.read().split('\n')

    for line in lines:
        a = line.split('\t')
        CHR = a[0]