AIZU ONLINE JUDGEの0009でWrong Answerと表示された。

AIZU ONLINE JUDGEの0009の問題に苦戦し続けている人です。

前回の質問で私がベストアンサーに選んだアルゴリズムを使って見たのですが、今度は「Wrong Answer」となります。原因を調べるべく、以下のテスト用に用意した数字を入力して出力すると、

10
3
11
100
999999

以下のようになり、

1
1
2
31
333331

本来n % i == 0になるとFalseになるはずのflagがFalseになっていないのがわかりました。

これの原因は何でしょうか？解決案も教えてください。

import math
import sys

sup = 1000000

is_prime = [0] * sup

count = [0] * sup

def sieve():
    is_prime[2] = 1
    for n in range(3,sup,2):
        flag = True
        for i in range(3, int(math.floor(math.sqrt(n) + 1)), 2):
            if n % i == 0:
                flag = False
                break
            if flag:
                is_prime[n] = 1

def precount():
    for n in range(2, sup):
        count[n] = count[n-1] + is_prime[n]

def main():
    sieve()
    precount()

    l = []

    for line in sys.stdin:
        l.append(int(line))

    for line in l:
         print(count[line])

if __name__ == "__main__":
    main()