MATLABとPythonのボロノイ分割関数の出力の違いについて
現在MATLABのvoronoin関数を用いて、細胞の接触判定をしているのですが、このボロノイ分割関数をPythonに変換しようとしています。
しかしPythonのscipy.spatial.Voronoiを用いると、出力の形式の一部がMATLABと異なります。
例えば、次のような同じ入力をMATLABとPythonのそれぞれの関数に与えました。
MATLAB:
seed = [ 17.746 -0.37283 -0.75523;
6.1704 1.3404 7.0341;
-7.7211 5.4282 4.5016;
5.8014 2.1252 -6.2491;
-16.047 -2.8472 -0.024795;
-2.2967 -6.7334 0.60707]
[vvern_mat, vceln_mat] = voronoin(seed);
Python:
import numpy as np
from scipy.spatial import Voronoi
seed = np.array([[ 17.746 , -0.37283 , -0.75523 ],
[ 6.1704 , 1.3404 , 7.0341 ],
[ -7.7211 , 5.4282 , 4.5016 ],
[ 5.8014 , 2.1252 , -6.2491 ],
[-16.047 , -2.8472 , -0.024795],
[ -2.2967 , -6.7334 , 0.60707 ]])
vor = Voronoi(kariseed)
vvern_py = vor.vertices
vceln_py = vor.regions
2種類の出力は次のようになります。
MATLAB:
vvern_mat =
Inf Inf Inf
-6.9386 1.7980 -7.7861
-15.9902 -20.8031 50.1840
29.5016 106.3690 5.9214
8.6816 -6.5899 -0.1741
-0.2027 2.1210 0.5874
vceln_mat =
1 4 5
1 3 4 5 6
1 2 3 4 6
1 2 4 5 6
1 2 3
1 2 3 5 6
Python:
vvern_py =
array([[ -6.93864391, 1.79801934, -7.78610533],
[-15.9902125 , -20.80310202, 50.1840397 ],
[ 29.501584 , 106.36899584, 5.92137852],
[ 8.68156407, -6.58985621, -0.17410448],
[ -0.20266123, 2.12100225, 0.58735065]])
vceln_py =
[[],
[-1, 0, 2, 3, 4],
[-1, 2, 3],
[-1, 0, 1],
[-1, 0, 1, 2, 4],
[-1, 1, 2, 3, 4],
[-1, 0, 1, 3, 4]]
ここでvvernはボロノイ分割の結果得られるボロノイ頂点の座標、vcelnはその頂点のインデックスです。vcelnに注目すると、値に関してはvceln_matの要素に2を足すとvceln_pyの要素が得られますが、行の並び順が異なりどのように合わせれば良いかご教授いただきたいです。
ライブラリは両言語ともQhullというライブラリに基づいており、そのオプション(http://www.qhull.org/html/qh-optq.htm)を適用することで合わせることができないか考えましたが、今の所一致していません。voronoin(MATLAB)のオプション(qhull_options="Qbb")も試しましたが、一致しませんでした(voronoinのオプションについて:https://jp.mathworks.com/help/matlab/ref/voronoin.html?lang=en#bqurvsm-1)。
何卒よろしくお願いいたします。