以下のmain_nunchuck.pyを実行しました。sudo python3 main_nunchuck.py

from ..import_directory.Nunchuck.RaspberryPi import nunchuck
from ..import_directory.python_sdk.milkcocoa import milkcocoa

すると、以下のエラーが発生しました。

Traceback (most recent call last):
    File "main_nunchuck.py", line 1,in <module>
      from ..import_directory.Nunchuck.RaspberryPi import nunchuck
SystemError: Parent module '' not loaded, cannot perform relative import

ファイル構造は以下の様にしています。

└─/pi
   └─/nunchuck_control
       │  main_nunchuck.py
       │
       └─/import_directory
           │ 
           │
           ├─/Nunchuck
           │     |
           │     |__/RaspberryPi
           │            nunchuck.py
           |
           ├─/python_sdk
                 |
                 |
                 ├─/milkcocoa
                 |     |   milkcocoa.py
                       |   __int__.py
                       |
                       ├─/paho
                           |
                           ├─/mqtt

どのようにしてpythonのimportをすれば良いのでしょうか。
よろしくお願いします。

========追伸1==========
__int__.pyを以下のように各フォルダに挿入しました。

└─/pi
   └─/nunchuck_control
       │  main_nunchuck.py
       │
       └─/import_directory
           │ __int__.py
           │
           ├─/Nunchuck
           │     |  __int__.py
           |     |
           │     ├─/RaspberryPi
           |     |     __int__.py
           │           nunchuck.py
           |
           ├─/python_sdk
                 |   __int__.py
                 |
                 ├─/milkcocoa
                 |     |   milkcocoa.py
                       |   __int__.py
                       |
                       ├─/paho
                           |  __int__.py
                           |
                           ├─/mqtt
                           |    __int__.py
                                client.py

そして、main_nunchuck.pyを実行しました。

from import_directory.Nunchuck.RaspberryPi import nunchuck
from import_directory.python_sdk.milkcocoa import milkcocoa as milkcocoa

mtb_beta様にお答え頂いたようにnunchuck.pyのimport errorは発生しませんでした。ありがとうございます。ただ、client.pyのimport errorが発生しました。

Traceback (most recent call last):
    File "main_nunchuck.py", line 2,in <module>
      from import_directory.python_sdk.milkcocoa import milkcocoa as milkcocoa
  File "/home/pi/nunchuck_control/import_directory/python_sdk/milkcocoa/milkcocoa.py", line 6, in <module>
     from paho.mqtt import client as mqtt
ImportError:No module named 'paho'

と表示されました。度々、すみません。協力頂ければ幸いです。

=====追伸2======
自己解決しました。milkcocoa.pyの6行目を以下のように変更するとうまく行きました。

from import_directory.python_sdk.milkcocoa.paho.mqtt import client as mqtt

理由は分かりませんが、なんとなく絶対PATHを入力するとうまく動きました。なぜ、相対PATHではうまくいかず、絶対PATHではうまく動くのでしょうか?