さくらのレンタルサーバーでマルチドメイン時にphpが動かない話は検索したら出てきましたが
webサイトが表示されなくなる現象は出てこなかったので質問しました。

wordpressを home/****/www/wp/ にインストールしており

home/****/www/ にindex.htmlがあります。

home/****/www/.htaccess

Action myphp-script /php.cgi
AddHandler myphp-script .php .html

上記の記述を追加するとページが表示されなくなります。
問題のページは
home/****/www/content/event.html です
event.htmlと同じ階層に.htaccessを書いても同様にページが表示されなくなりました。

<?php require('./www/wp-load.php'); ?>
略
<?php query_posts('showposts=5'); ?>
<?php if ( have_posts() ) : while ( have_posts() ) : the_post(); ?>
<p><a href="<?php the_permalink() ?>"><?php the_title(); ?></a></p>
<?php the_content(); ?>
<?php endwhile; ?>
<?php endif; ?>
略

その他こちらのサイトを参考に一通り作業しました。
http://planbworks.net/web/html-and-wordpress.html
マルチドメインで無い環境では正常に動作しました。