環境
　　PHP 5.3.19
　　Cakephp 2.6.1
　　MySQL 5.067

1日1回、別システムから受け取ったCSVファイルを解析し、データベースに登録する処理を書いて運用しています。
処理としては、テーブルのデータを初期化して、全て挿入することにしています。
普段は一意に登録されるのですが、たまにデータが2重に登録される場合があります。
　　※例：5万件のデータを挿入すると、10万件になっている
問題発生時のログを取ってみても、挿入したクエリは全て一意で重複はありませんでした。

原因は何なのでしょうか？
よろしくお願い致します。

下記に簡易的な処理を書きます。

class ConvertCsvController extends AppController {
　　public function exec(){
　　　　//csvからデータ生成
　　　　$class = new hoge1();
　　　　$this->updateToClass($class);

　　　　//csvからデータ生成2
　　　　$class = new hoge2();
　　　　$this->updateToClass($class);
　　}

　　private function updateToClass($class){
　　　　set_time_limit(600);

　　　　//pdoでDBにアクセス（省略
　　　　$pdo = new PDO();　

　　　　//テーブルを初期化
　　　　$pdo->query("TRUNCATE ".$class->TABLE_NAME);

       //トランザクション開始
       $pdo->query("START TRANSACTION");

       try {
　　　　  foreach ( $file as $key => $line ) {
　　　　　  　//内容の生成処理は省略
　　　　  　　//(null,1,2,3,"hoge")みたいなのが出来る
　　　  　　　$values = $line;
　　  　　　　if( !empty( $insert_values ) ){
　  　　　　　　　$insert_values .= ", ";
  　　　　　　}
  　　　　　　$insert_values .= "(". $values . ")";
  　　　　　　$insert_count++;

　　　　　  　if($insert_count > 5000){
　　　　  　　　　$pdo->query($class->INSERT_HEAD.$insert_values);
　　　  　　　　　$insert_values = "";
　　  　　　　　　$insert_count = 0;
　  　　　　　}
  　　　　}
  　　　　//余ったのを入れる
  　　　　if($insert_count > 0){
　　　　　  　$pdo->query($class->INSERT_HEAD.$insert_values);
　　　　  }
         $pdo->query("COMMIT");

       } catch (PDOException $e) {
        $pdo->query("ROLLBACK");
        echo 'Connection failed: ' . $e->getMessage();
        return false;
       }

　　}
}


//テストクラス、hoge2も同じ形式
class hoge1{
　　public $FILE_PATH = "hoge1.CSV";
　　public $TABLE_NAME = "hoge1";
　　
　　public $INSERT_HEAD = "INSERT INTO `hoge1` (
　　　　`id`, `customer_code`, `spot_code`, `spot_1`, `spot_2`, `place_1`, `place_2`, `center_id`, `center_name`, `business_id`, `business_name`, `create_date`, `update_date`
        ) VALUES ";
}

【2015/12/29 追記】
トランザクションを試して様子を見ていましたが問題が再発しました。
　　※レコード内容まではログをとっておらず、insertの発行回数だけ取得していましたが、
　　　5000 * 11で約55000件なのに、レコードは１０万件になっていました。