現在fuelphpを利用してサイトを運営しております。　
諸事情により、public直下にindex.phpを配置することができず、
サブフォルダにindex.phpを配置して運営しております。

public_html
　　|＿＿＿＿inquiry
　　　　　　　｜__________　index.php
　　　　　　　　　　　　　　.htaccess

この状態で更に別フォルダにプログラムを配置しようと思い
同じようにサブフォルダ内にindex.phpを設定したのですが

public_html
　　|＿＿＿＿function
　　　　　　　｜__________　index.php
　　　　　　　　　　　　　　.htaccess

デフォルトコントローラーをroutes.phpにてindexと
指定しており、http://example/inquiry　でアクセスが
あった場合は問題ないのですが、http://example/functionで
アクセスするとhttp://example/inquiryの画面に遷移してしまいます。

http://example/function/function　というurlでのアクセスであれば、
意図したコントローラーに遷移するのですが、url的に見た目が
よくない状態になっております。
こういった場合にどのように対処するかご存じであればご教示ください。