ディレクトリを丸ごとzipでダウンロードしたい

よろしくお願いします。

ディレクトリをまるごとzipでダウンロードしたいです。

Windows8.1
php 5.4.39
Apache 2.2.14
localでの実行です。

上記のような状態のものを、zipで圧縮してダウンロードすることが目標です。

コードは以下の通りです。

<php

//Zipクラスロード
$zip = new ZipArchive();

//Zipファイル名指定
$zipFileName = 'mysite.zip';

//Zipファイル一時保存ディレクトリ取得
$zipTmpDir = '/phpdocs/nonprothemes';

//Zipファイルオープン
$result = $zip->open($zipTmpDir.$zipFileName, ZIPARCHIVE::CREATE | ZIPARCHIVE::OVERWRITE);

if ($result !== true) {
    return false;
}

//処理制限時間を外す
set_time_limit(0);


/* ファイルパスを指定する処理 */

//mysite内のファイル一覧取得
//ディクトリパス格納用変数
$dir = null;
$dir = 'mysite/';

//ハンドル取得用変数
$handle = null;
//ファイル情報取得用変数
$file = null;
//ファイルパス指定用配列
$fpath_array = array();

//ディレクトリの存在確認、ハンドル取得
if(is_dir($dir) && $handle = opendir($dir))
{
    //ディレクトリ内のファイルを取得
    while(($file = readdir($handle)) !== false)
    {
        //'.','..'を取り除く処理
        if($file != "." && $file != "..")
        {
            //ファイルパス指定
            $fpath_array[] = 'mysite/'.$file;
        }
    }
}

//ファイルパス指定
//$fpath_array = array('mysite/style.css','mysite/index.php');
/* ここまで */

//Zip追加処理
foreach ($fpath_array as $filepath) {
    //filename取得
    $filename = basename($filepath);

    //取得ファイルをZipに追加
    $zip->addFromString($filename,file_get_contents($filepath));
    $zip->addFile($filepath);
}

$zip->close();

// ストリームに出力
header('Content-Type: application/zip; name="' . $zipFileName . '"');
header('Content-Disposition: attachment; filename="' . $zipFileName . '"');
header('Content-Length: '.filesize($zipTmpDir.$zipFileName));
echo file_get_contents($zipTmpDir.$zipFileName);

// 一時ファイルを削除しておく
unlink($zipTmpDir.$zipFileName);
?>

現在、

Warning: file_get_contents(mysite/images): failed to open stream:
Permission denied in C:\phpdocs\nonprothemes\file_dw.php on line 62

Warning: Cannot modify header information - headers already sent by
(output started at C:\phpdocs\nonprothemes\file_dw.php:62) in
C:\phpdocs\nonprothemes\file_dw.php on line 69

Warning: Cannot modify header information - headers already sent by
(output started at C:\phpdocs\nonprothemes\file_dw.php:62) in
C:\phpdocs\nonprothemes\file_dw.php on line 70

Warning: filesize(): stat failed for /phpdocs/nonprothemesmysite.zip
in C:\phpdocs\nonprothemes\file_dw.php on line 71

Warning: Cannot modify header information - headers already sent by
(output started at C:\phpdocs\nonprothemes\file_dw.php:62) in
C:\phpdocs\nonprothemes\file_dw.php on line 71

Warning: file_get_contents(/phpdocs/nonprothemesmysite.zip): failed to
open stream: No such file or directory in
C:\phpdocs\nonprothemes\file_dw.php on line 72

Warning: unlink(/phpdocs/nonprothemesmysite.zip): No such file or
directory in C:\phpdocs\nonprothemes\file_dw.php on line 75

これらのエラーが出ています。

apacheの権限の問題なのかと思ったのですが、ネットで調べてみてもhttpd.confのどこにどう記述すればいいのかが分かりませんでした。

参考になるサイトなどありましたら教えていただきたいです。

XAMPPで動かしているときには正常に動いていましたが、XAMPPを消してApacheを入れなおしたら今回のようなことになってしまいました。

どのようにして解決したら良いでしょうか？
よろしくお願いします。

/********* 追記 ***********/
mysite/image(imageフォルダ)を消した場合、

このような形でzipが出来上がりました。

ちなみに、

$zip->addFromString($filename,file_get_contents($filepath));

このような形でzipで出来上がります。

/********* 追記 ***********/

コードを修正した結果、
中身の無い(?)8KBのzipフォルダが作成されました。
ファイルを追加する所で代わりにファイルパスを表示した所、問題なくパスが来ていました。

以下コードです。

$dist = 'mysite.zip'; // 生成する圧縮ファイル名
$path = './mysite'; // 圧縮するパス
$zipTmpDir = '/phpdocs/nonprothemes'; // 一時パス


$zip = new ZipArchive();
$zip->open($zipTmpDir.$dist, ZipArchive::CREATE | ZipArchive::OVERWRITE);
addZip($zip, $path);
$zip->close();

function addZip($zip, $path) {
  if (is_dir($path)) {
    $files = array_diff(scandir($path), ['.', '..']);
    foreach ($files as $file) addZip($zip, "$path/$file");
  } else {
    $zip->addFile($path);
  }
}

// ストリームに出力
header('Content-Type: application/zip; name="' . $dist . '"');
header('Content-Disposition: attachment; filename="' . $dist . '"');
header('Content-Length: '.filesize($zipTmpDir.$dist));
echo file_get_contents($zipTmpDir.$dist);

// 一時ファイルを削除しておく
unlink($zipTmpDir.$dist);