monacaでprototype.jsを使用したいのですが、上手くいきません

monacaを利用して、webアプリケーションで制作したものをアプリに落とし込んでおります。
webアプリケーションではprototype.jsを利用して、定期的に情報更新がないかを確認&更新があれば更新数を表示するプログラムを組んでおりましたが、monacaにうまく適用できずにいます。。

エラー内容は以下になります。
prototype.jsを入れることにより、pushpage関数に不具合が生じていますか？？

Error: Class.extend is not a function. (In 'Class.extend({push:function(enterPage,leavePage,callback){callback()},pop:function(enterPage,leavePage,callback){callback()}})', 'Class.extend' is undefined)

以下がコードになります。
サーバー側処理は更新の数(値)を返しております。
jQuery (Monaca version)及びprototype.jsを、js/cssコンポーネントに追加しております。

(head)

<script src="components/loader.js"></script>
<link rel="stylesheet" href="components/loader.css">
<script>
  ons.bootstrap();
  jQuery.noConflict();
  var j$ = jQuery;
  (function(){
    'use strict';
    j$(document).on('pageinit', '#top-page', function() {
      j$('#message_board', this).on('click', function() {
        app.navi.pushPage('message.html');
      });
      watch_new();
    });
  })();

  function watch_new(){
    var id = "1";
    var myajax = new Ajax.PeriodicalUpdater('new', 'url', {postBody: 'id=' + id, frequency: 10000});
  }
</script>

(html)

<ons-navigator page="top.html" var="app.navi"></ons-navigator>
<ons-template id="top.html">
  <ons-page id="top-page">
    <ons-list-item modifier="chevron" class="item" id="message_board">
      <ons-row>
        <ons-col class="title">
          <header>
            <span class="item-title">掲示板</span>
            <div id="new"></div>
          </header>
        </ons-col>
      </ons-row>
    </ons-list-item>
   ・・・
  </ons-page>
</ons-template>

<ons-template id="message.html">
  <ons-page id="message-page">
    <ol id="message"></ol>
  </ons-page>
</ons-template>