Markdown に含まれるコードをシンタックスハイライトするには？

Markdown で書いた文書にシンタックスハイライトした形でソースコードを掲載したいと考えています。Pygments 等のツールを使って Markdown 中のコードをハイライトするにはどうすれば良いでしょうか？

コマンドラインで動作する Markdown→HTML 変換ツールでシンタックスハイライトができるようなツールがあれば教えていただきたいです。またできれば GitHub-flavored Markdown が扱えればなお嬉しいです。

よろしくおねがいします。