iTerm2のPreferences -> Keys -> Show/hide iTerm2 with a system-wide hotkeyのチェックを入れてF1キーを設定しました。

これでシステム全体のホットキーとしてF1で iTerm2 がアクティブになるはずだと思うのですが、既に立ち上がっているウィンドウではなく新しいウィンドウが立ち上がってしまいます。

どこか他にも設定しなければならないところがあるのでしょうか?

iTerm2 のバージョンはBuild 2.0.0.20150412になります。