macのdockのアイコンをクリックした時の挙動

macで、3つのアプリ（chrome, atom, FileZilla、重なり具合もこの通りとします）
を立ち上げている状態で、
デスクトップを表示するショートカット(自分はcmd+dに設定している)で
デスクトップのみを表示し、その後、dockにあるFileZillaのアイコンをクリックした時に、
FileZillaのみ立ち上がることを期待しているのですが、
なぜか、chrome, atom, FileZillaがこの重なり具合のまま表示されてしまいます。

どこを設定したら、期待する動きになるのでしょうか？