お世話になっております。現在、会社のPC(インターネットアクセスが制限されています)
https://github.com/Shougo/neobundle.vim

こちらのサイトからcloneではなく、zipでダウンロードしてzipファイルをサーバーに置き
~/.vim/bundle/neobundle/
配下にzipを展開済み
.vimrcに

if has('vim_starting')
  set runtimepath+=~/.vim/bundle/neobundle.vim
  call neobundle#rc(expand('~/.vim/bundle'))
endif

と書いたのですが、runtimepathのpath指定がディレクトリ構成と違うので変更したいと考えています。
しかし、neobundle.vimはaoutload、pluginの中にもあります。
どこのディレクトリのneobundle.vimを指定すれば良いでしょうか？

また、nerdtreeを追加したいと思っているのですが、ネット上ではPCがインターネットに繋がっているためvimrcにプラグインの追加として記入していますが、こちらの環境ではネットに繋ぐ手段がないのでできないのではと考えております。

PCがネットに繋がらなくても使えるようにする方法はありますでしょうか？

駄文で分かり辛いと思いますが、ご教授願い致します。

環境
Linux
CentOS 5.6