Ubntu 16.04 の入っている HDD が起動しなくなりました。
その原因として、Ubuntu の入っている HDD のパーティションが認識できなくなっていました。

USB メモリから Linux を起動させ parted -l を使った際、次のようなエラーが発生しました

エラー：無効な引数です： /dev/sda から読み込み中のシークでエラーが発生しました。
モデル： ATA TOSHIBA DT01ACA3 (scsi)
ディスク /dev/sda: 3001GB
セクタサイズ (論理/物理): 512B/4096B
パーティションテーブル: unknown 
ディスクデフラグ：
警告：ドライバは物理ブロックサイズが 2048 バイトであると言っていますが、Linux は 512 バイトだと言っています。