以下のようにバイナリやライブラリが入る場所が沢山あります。
これらの用途の使い分けを簡単にで構いませんので教えてください。
とくに、optがよくわかっていないです。

また、これらの場所以外にバイナリやライブラリが入る可能性はありますか？(自分でprefixのディレクトリを指定した場合は別として)

/usr/bin
/usr/sbin
/usr/lib
/usr/include
/usr/libexec

/usr/local
/usr/local/bin
/usr/local/lib
/usr/local/include
/usr/local/opt

/opt/local/bin
/opt/local/lib