Jenkinsを.msiでインストールすると、他のツールへのキックに失敗します。
.warでインストールすると、同じパイプラインで他のツールへのキックが問題なく動作します。

Jenkinsのバージョン違いとか、Javaのバージョン違いなど、出来る範囲で入れ替えてみたのですが、.msiは失敗、.warは成功という状態から抜け出せません。

最新のJenkinsは.msiで提供されるので、.msiでキックできるようにしたいのですが、.msiと.warでは、インストールフォルダが違う事やフォルダ名が違う事以外にどのような差異があるのでしょうか？

何か、ヒントになることがあれば、是非ご教授ください。