おそらく
https://devnet.jetbrains.com/message/5526866

John Hunter氏の

when I start debugging, no breakpoints are ever hit (it does open up the page in chrome and I get the message ''JetBrains IDE Support is debugging this tab). I have set breakpoints in my ES6 js files and the generated js files. I feel like I am missing something, but I don't know what.

の発言と同じ現象が起こっているようです。

その後の発言を見ると、

gulp.src を触るとうまくいったよ的な展開になっている感じがしますが、

プロジェクト内で、
gulp.src(['plugin/**/*.es6'])で検索してもヒットしませんし、
gulp.srcで検索すると、node_modulesの中に数件ヒットしますが、いったいどこをいじればよいのでしょうか？（というかnode_modulesの中をいじくるものなのでしょうか...）

どなたかES6のブレイクポイントが上手く動いた方はいませんか？