Javascriptでウィンドが変わった瞬間、挙動が止まってしまいます

var kakunin=(function(){n=document.getElementsByClassName("js-validator-form");n[0].submit()}); 
setTimeout(kakunin, 2000);
$('input[value = "よろしいですか？"]').click();

上記コードを某サイト上で実行したところ、setTimeout(kakunin, 2000);まで動いで$('input[value = "よろしいですか？"]').click();の部分が動かなかったです。

２行目だけ手動で進んで、３行目だけ動作させたらうまく動作しました。
ウィンドウが変わった瞬間、３行目が動作しないのはなぜでしょうか？