javascriptのFileReaderAPIで画像を読み込んで、サーバにアップロードしたい

タイトルの通りなのですが、画像を読み込んでサーバにアップロードするまでは出来たのですが、
アップロードしたファイルを開こうとすると「ファイルが壊れています」と表示されてしまいます。
どなたかご教示いただけると幸いです。

HTML

    <ons-button ng-click="save()">ファイル選択 </ons-button>

JS（files[i]には画像ファイルのURIが入っています）

for (i=0; i<files.length; i++){
    window.resolveLocalFileSystemURL(files[i], function(fileEntry){
        fileEntry.file(function(fileObj) {
            var file;
            var fileReader = new FileReader();
            fileReader.onload = function(e) {
                 file = fileReader.result;
                 Upload.upload({
                     url: URL,
                     data: {
                         file: file,entity: Upload.json({name: name})
                     }
                 })
            };
            fileReader.readAsBinaryString(fileObj);
        })
    });
}

FileReaderAPIを使わずにHTMLのinput type=fileでファイル選択してアップロードした場合は画像として開けます。
アップロード部分はng-file-uploadを利用しています。

追記：
質問がわかりにくくて申し訳ありません。
<input type="file" name="file" onchange="save(this.files);" />
for (i=0; i<files.length; i++){var file = files[i];}

と書いた時にfileに入るオブジェクトを、
「file:///data/data/(app id)/cache/aaa.jpg」というURIから生成したいのですが
どのようにすればよいでしょうか？という質問です。

追記2：
英語版の過去ログを参考に下記コードで自己解決しました。

var file;
var fileReader = new FileReader();
fileReader.onload = function(e) {
    var arr = fileReader.result.split(','), mime = arr[0].match(/:(.*?);/)[1],bstr = atob(arr[1]), n = bstr.length, u8arr = new Uint8Array(n);
    while(n--){u8arr[n] = bstr.charCodeAt(n);}
    file = new Blob([u8arr], {type:mime});
    // （アップロード処理）
};
fileReader.readAsDataURL(fileObj);