Spring Boot でコマンドラインアプリケーションを作っていたのですが、急きょ、アプリではなくライブラリにしなければならなくなりました。

開発環境：Eclipse、Windows7
開発言語：Java
フレームワーク：Spring Boot

※以下、xxxxx.jarというのが私が作成したもの。

現在の起動方法

  1. 起動用batファイルでjavaコマンドを実施(java -cp xxxxx.jar xxx.xxx.MainClass)
  2. xxxxx.jar起動

変更後の起動方法

  1. 既存アプリケーションに当該ライブラリの情報を設定（対象ファイル、クラス、メソッド）
  2. 既存アプリケーションは当該ライブラリをロードして、設定されたクラスとメソッドを実行

Springフレームワークの機能を利用しつつ、このように移行することはできないでしょうか。
今現在、メインクラスのmainメソッドを削除し、executeというメソッドを作成して既存アプリに登録していますが、以下のエラーでうまく起動できていません。

Failed to process import candidates for configuration class [xxx.xxx.MainClass]; nested exception is java.lang.IllegalArgumentException: No auto configuration classes found in META-INF/spring.factories. If you are using a custom packaging, make sure that file is correct.

フレームワークを利用してアプリを作る為の情報は山ほどありますが、フレームワークを利用してライブラリ（mainメソッドが無い）を作る方法はないのでしょうか。
その様なことは一般的にできないのでしょうか。

追記

試行錯誤した結果、上記エラーはなくなりました。
しかし、AutowiredアノテーションによるDIがされません。