JavaのCompiler Toolsでコンパイルするjavaファイルに独自のjavaファイルを継承させたいがシンボルを見つけられませんと言われる

javax.toolsを用いてコンパイルしたいjavaファイルがあるのですが、別の自作のjavaファイルをimportしているため シンボルを見つけられません と出てしまいます。
(aaa.javaはbbb.javaをextendsしたいがaaa.javaをコンパイルする際エラーを吐く)
importしたいファイルが膨大なためコンパイルしたいファイルにそれらを直接書き込むこともできません。何か方法はありますでしょうか？

プログラミング経験が少なくお恥ずかしい限りですがご容赦ください。

失礼しました。
こちらがコンパイルするためのコードになります。

public class DoCompile {
    public DoCompile() {
        File f = new File("D:/Desktop/compiletest/aaa.java");
        File d = new File("D:/Desktop/compiletest/classes");

        String[] args = {
            "-d", d.getAbsolutePath(),
            f.getAbsolutePath()
        };

        JavaCompiler c = ToolProvider.getSystemJavaCompiler();
        int r = c.run(null, null, null, args);
        System.out.println("return" + r);
        if(r == 0)
            System.out.println("BUILD SUCCESSFUL");
    }
}

aaa.javaはまったく別のjavaファイル、bbb.javaを継承しているファイルです

開発環境(IDE):Eclipse 　使用言語 Java7