下記が現在のソースです

package creategif;

import java.awt.Color;
import java.awt.Graphics;
import java.awt.Rectangle;
import java.awt.image.BufferedImage;
import java.io.File;
import java.io.IOException;
import java.util.Iterator;
import javax.imageio.IIOImage;
import javax.imageio.ImageIO;
import javax.imageio.ImageWriter;
import javax.imageio.stream.ImageOutputStream;
import javax.swing.JOptionPane;

/**
 * メインクラスです.
 * @author udon
 */
public class CreateGif {

    /**
     * @param args the command line arguments
     */
    public static void main(String[] args) {
        File file = new File(System.getProperty("user.dir") + File.separator + "anime.gif");
        try {
            //書き込みストリームの作成
            Iterator<ImageWriter> it = ImageIO.getImageWritersByFormatName("gif");
            ImageWriter writer = it.hasNext() ? it.next() : null;
            ImageOutputStream stream = ImageIO.createImageOutputStream(file);
            if(writer == null) {
                throw new IOException();
            }
            writer.setOutput(stream);
            writer.prepareWriteSequence(null);
            //画像の作成
            BufferedImage image = new BufferedImage(128, 128, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
            Rectangle rect = new Rectangle(16, 16, 8, 8);
            final Color FG = Color.WHITE;
            final Color BG = Color.BLACK;
            //50回□を動かすアニメーション
            for(int i=0; i<50; i++) {
                Graphics g = image.createGraphics();
                //背景を塗りつぶす
                g.setColor(BG);
                g.fillRect(0, 0, 128, 128);
                //□を描画
                g.setColor(FG);
                g.fillRect(rect.x, rect.y, rect.width, rect.height);
                //動かす
                rect.x += 2;
                //フレームの追加
                writer.writeToSequence(new IIOImage(image, null, null), null);
            }
            writer.endWriteSequence();
            stream.close();
        } catch(IOException ioe) {
            JOptionPane.showMessageDialog(null, "失敗しました\n" + ioe.getMessage());
        }
    }
}

また、下記の環境でアニメーション再生されることも確認済みです

Chrome 48.0.2564.116 m
IE 11.0.9600.18205

ただこれはアニメーションを一通り再生するとそのまま停止してしまうのですが、
これを無限にループ再生させる方法はありますか?