タイトルがわかりづらくて申しわけありません。

Java で、特に JavaWebStart や Tomcat などのフレームワーク(?)などを使用せずに、単体で動作する CUI アプリを作るとします (CUI でなくても JavaFX の GUI アプリでもよいのですが)。
このとき、静的データについてはたとえば java.lang.ClassLoader#getResource などでアプリ内の 大きなファイル や 多数のファイル群 などを参照アクセスすることができることがわかるのですが、その 大きなファイル や 多数のファイル群 をアプリ内に動的に作成したり更新アクセスしたりするには、一般的にはどのような方法をとるものでしょうか。
ただしプロセス単位に生成消滅させる一時的なファイルではなく、アプリ単位に生成消滅させるべきファイルです。 また、データベースを別途使用するようなやや大袈裟なことも考えていません。

小さなデータであれば、java.util.prefs のようなものがあるのはわかります。理想的には Android や iOS のように参照・更新できるアプリ固有領域の概念があるとよいのですが、Java SE 自体にそのような概念はあったでしょうか？
また、Eclipse や NetBeans や Maven などで生成する標準プロジェクトの機能にもそのような考え方はできるでしょうか？