困っていること

Certificateを更新したにも関わらずXcodeが古いものを適用して、証明書エラー（アップロード後に通知が来てAppStoreへアップロードができない）を起こしてしまう。

現状

古いCertificateのPrefix（9xxxxxxxxx)
新しいもの　　　　　　(7xxxxxxxxx)

古いCertificateはAppleDeveloperを見る限り存在しない。
キーチェーンに登録されている古いCertificateが書かれた証明書は削除済み。

キーチェーンからリクエストを発行してAppleDeveloperにて全てのCertificateを削除してからDeveloperとDistributionを発行した。
その後、AppIDを登録した。その時のPrefixIDは新しいものであることは確認済み。
そして、Provisioning Profilesを開発用と製品用を発行して（PrefixIDは新しいものを選択）してDL。

しかし、XcodeでAutomatically manage singingを選択するとSinging Certificateは古いものを生成しキーチェーンへ登録をしてしまう。また、AppDeveloperにも生成されたキーが出現。
AutomatiCally manage singingのチェックを外し再度試してみたがDistributionは新しいものを選択されるものの、Developerは古いものが選択されてしまう。

この後、ArchiveをしてValidate、Uploadをすると、Upload自体は出来る。
Upload時に確認画面として出てくるところのPrefixIDは新しいものが選択されている。

A sealed resource is missing or invalid. The file at path [MyAppName.app/MyAppName] is not properly signed. Make sure you have signed your application with a distribution certificate, not an ad hoc certificate or a development certificate.

とのメールが来てしまいアップロードができない

やってみたこと

上記に書いてある通りの証明書類の削除と再発行
Xcodeのbuildの中身を削除
XcodeのClean Build Folderを実行
~/Library/MobileDevice/Provisioning Profiles/ の中身はrm *で削除済み
キーチェーン内のiOS Developerを削除

環境

macOS Mojave 10.14.3
Xcode 10.2 beta
Xcode 10.1で試してみたがProvision ProfileがUnknown、ProfileがNoneとなってしまうので10.0と10.2を試してみた。10.0ではアップロードができなくなるとのWarningをもらったので10.2を試している。なお、どのXcodeのバージョンを使ってもアップロード後のメールに変わりはなかった。