６月１日からAppleでのアプリ審査でIPv6 only Network環境での動作チェックがはじまりました。
事前にその対応について備えていたのですが、いざ申請すると「IPv6では接続できないから却下」という旨の返答があり、審査が通過できない状態にあります。
以下、行った対応です。

・Unityのバージョンを4.6.5から4.7.2へ変更　※Unityから公式にアナウンスがあったバージョン
・Appleが通信できない、という指摘が入ったのはUnity標準の「WWW」クラスを使った通信箇所。
・その他Appleからアナウンスがあった利用できない関数の確認

Appleにも質問を投げているのですが、クラッシュログを提出しないと答えない旨きています。
現在、こちらの環境では

･NAT64環境で接続テスト、こちらの環境では正常に動作している
※パケットモニターでIPv6になっているのも確認できています。

上記のようになっており、エラーすら把握できない状態にあります。

原因としては
・こちらが用意した環境が不適切である可能性
・導入しているプラグインが対応していない可能性(こちらは別途問い合わせ中)
が考えられますが、何から手をつけていいかわからず、八方塞です。

どなたか知恵をかしていただけないでしょうか？
よろしくお願いします。

iOS・Macともに指定されたバージョンへの更新は完了しています。

※一部文章に間違いがあったので訂正しました

2016/06/20 追記

相変わらずリジェクトを受けていますが、
サーバーを「Appleからのアクセス」だけを限定した処理に切り分け、
審査を提出しました。
結果もIPv6で接続できない、という返答にかわりはなかったですが、
通信が成功している場合もありました。
※IPv6での接続ができている証拠かと思います。