バージョンアップ時に全データが消える(もしくは内部に保存されているが見えなくなる)という
とんでもない失態を犯してしまいました。

原因も分かりません。
バージョンアップでもデータモデルはいじっておりません。

現在、自分が考えている原因の候補としては
・本に書いてあるままに- (NSPersistentStoreCoordinator *)persistentStoreCoordinator
の最下部に、[[NSFileManager defaultManager]removeItemAtURL:storeURL error:nil];
と書いたままにしておいたから
・マイグレーション処理をしていなかったから

の二つですが確証はありません。ググっても同じような例が見つかりませんでした。
基本的にAppDelegateはいじっておらず、候補1の処理以外は初期通りです。

- (NSPersistentStoreCoordinator *)persistentStoreCoordinator {
    // 略

    if (![persistentStoreCoordinator addPersistentStoreWithType:NSSQLiteStoreType 
                            configuration:nil URL:storeUrl 
                            options:nil error:&error]) {
        [[NSFileManager defaultManager]removeItemAtURL:storeURL error:nil]; //追加
        NSLog(@"Unresolved error %@, %@", error, [error userInfo]);
        abort();
    }    

    return persistentStoreCoordinator;
}

本当にユーザのみなさまに申し訳なくて、もしデータ復旧できるのであれば
その手段を教えていただけると助かります。

データが戻らない場合でも、次回からそうならないような対処法を教えていただけると
助かります。